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Según la RAE, vacío significa en su definición número 12:

12. m. Falta, carencia o ausencia de alguna cosa o persona que se echa de menos.

Y Cranberries nos dicen:

Something has left my life
And I don’t know where it went to
[...]
Say a prayer for me,
Help me to feel the strenght, I did.

Y aquí nos lo cantan:

Es una de esas canciones que, a veces, tiene a nivel personal todo su significado.